Package 'ciecl'

Description

Calcular comorbilidades Charlson/Elixhauser para Chile

Usage

cie_comorbid(data, id, code, map = c("charlson", "elixhauser"), assign0 = TRUE)

Arguments

Value

tibble ancho con scores comorbilidad por paciente

See Also

cie_map_comorbid(), cie_norm()

Other comorbidities: cie_map_comorbid()

Examples

# Ver documentacion de parametros
args(cie_comorbid)


df <- data.frame(
  id_pac = c(1, 1, 2, 2),
  diag = c("E11.0", "I21.0", "C50.9", "E10.9")
)
cie_comorbid(df, id = "id_pac", code = "diag", map = "charlson")

Description

Devuelve un vector character con la descripción de cada código, pensado para usar dentro de dplyr::mutate() sin necesidad de un left_join contra cie10_cl.

Usage

cie_describe(
  codes,
  normalize = FALSE,
  default = NA_character_,
  codigos = lifecycle::deprecated()
)

Arguments

Value

Character vector del mismo largo que codes con la descripción oficial MINSAL/DEIS. NA_character_ (o default) para códigos sin match.

See Also

cie_lookup() para resultado como tibble con todas las columnas; cie_norm() para normalización.

Other search: cie_guia_busqueda(), cie_guide(), cie_lookup(), cie_search()

Examples

# Auditoría: buscar tal cual (E110 no existe sin punto)
cie_describe("E110", normalize = FALSE)

# Rescate: normalizar antes de buscar
cie_describe("E110", normalize = TRUE)


# Uso típico en auditoría VIU (contar fallos de origen)
diags <- c("E11.0", "E110", "I10X", "INVALIDO")
descripciones <- cie_describe(diags, normalize = FALSE)
sum(is.na(descripciones)) # Detecta 3 errores de registro

Description

Expandir código jerárquico (ej. E11 -> E11.0-E11.9)

Usage

cie_expand(code, codigo = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

Character vector con todos los códigos hijos del código padre. Vector vacío si el código no existe en la base de datos.

See Also

cie_norm(), cie_lookup(), cie_guide()

Other validacion: cie_norm(), cie_normalizar(), cie_validate_vector()

Examples

cie_expand("E11")

Description

Muestra tabla comparativa de cuándo usar cada función de búsqueda.

Usage

cie_guide()

Value

tibble con guia comparativa de funciones de busqueda

See Also

cie_search(), cie_lookup(), cie_short()

Other search: cie_describe(), cie_guia_busqueda(), cie_lookup(), cie_search()

Examples

cie_guide()

Description

Búsqueda exacta por código CIE-10

Usage

cie_lookup(
  code,
  expand = FALSE,
  normalize = TRUE,
  full_description = FALSE,
  extract = FALSE,
  check_siglas = FALSE,
  include_uso_cl = TRUE,
  only_uso_cl = FALSE,
  codigo = lifecycle::deprecated(),
  expandir = lifecycle::deprecated(),
  normalizar = lifecycle::deprecated(),
  descripcion_completa = lifecycle::deprecated()
)

Arguments

Value

tibble con codigo(s) matcheado(s)

See Also

cie_search(), cie_norm(), cie_expand(), cie_guide()

Other search: cie_describe(), cie_guia_busqueda(), cie_guide(), cie_search()

Examples

# Búsqueda directa por código
cie_lookup("E11.0")


cie_lookup("E110") # Sin punto
cie_lookup("E11") # Solo categoría
cie_lookup("E11", expand = TRUE) # Todos E11.x
# Vectorizado - múltiples códigos y formatos
cie_lookup(c("E11.0", "Z00", "I10"))
# Con descripción completa
cie_lookup("E110", full_description = TRUE)
# Extraer código de texto con ruido (solo código escalar)
cie_lookup("CIE:E11.0", extract = TRUE)
cie_lookup("E11.0-confirmado", extract = TRUE)
# Buscar por siglas médicas
cie_lookup("IAM", check_siglas = TRUE)
cie_lookup("DM2", check_siglas = TRUE)
# Filtrar a códigos vigentes de uso clínico Chile (excluye 'legado')
cie_lookup("E11", expand = TRUE, only_uso_cl = TRUE)
# Omitir columna uso_cl en el output
cie_lookup("E11.0", include_uso_cl = FALSE)

Description

Agrupa códigos CIE-10 chilenos en categorías de comorbilidad MINSAL. Basado en Decreto 1301/2016 MINSAL + icd::icd10_map_charlson.

Usage

cie_map_comorbid(codes, codigos = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

tibble con columnas: codigo, categoria

See Also

cie_comorbid(), cie_norm()

Other comorbidities: cie_comorbid()

Examples

cie_map_comorbid(c("E11.0", "I50.9", "C50.9"))

Description

Convierte códigos CIE-10 de diferentes formatos al formato estándar (con punto). Maneja múltiples variaciones de entrada comunes en datos clínicos.

Usage

cie_norm(
  codes,
  search_db = TRUE,
  codigos = lifecycle::deprecated(),
  buscar_db = lifecycle::deprecated()
)

cie_normalize(
  codes,
  search_db = TRUE,
  codigos = lifecycle::deprecated(),
  buscar_db = lifecycle::deprecated()
)

Arguments

Details

La normalización incluye:

• Conversión a mayúsculas

• Eliminación de espacios (inicio, fin e internos)

• Eliminación de símbolos daga y asterisco (codificación dual)

• Conversión de guiones a puntos (I10-0 -> I10.0)

• Eliminación de puntos iniciales (.I10 -> I10)

• Corrección de puntos múltiples (E..11 -> E.11)

• Eliminación de sufijo X en códigos cortos, incluido el punto previo si lo hay (I10X -> I10, E11.X -> E11)

• Preservación de X en códigos largos (placeholder 7o carácter)

• Agregado de punto en posición correcta (E110 -> E11.0)

El sistema de daga/asterisco indica codificación dual donde la daga marca la enfermedad subyacente y el asterisco la manifestación. Ambos símbolos se eliminan para normalización.

Value

Character vector con códigos normalizados al formato con punto

See Also

cie_validate_vector(), cie_expand(), cie_lookup(), cie_guide()

Other validacion: cie_expand(), cie_normalizar(), cie_validate_vector()

Examples

cie_norm("E110")     # Retorna "E11.0"
cie_norm("E11")      # Retorna "E11" (categoría)
cie_norm("I10X")     # Retorna "I10" (elimina X)
cie_norm("E 11 0")   # Retorna "E11.0" (espacios internos)
cie_norm("I10-0")    # Retorna "I10.0" (guion a punto)
cie_norm(paste0("A17.0", intToUtf8(0x2020)))  # "A17.0" (elimina daga)
cie_norm("G01*")                              # "G01"   (elimina asterisco)
cie_norm(c("E110", "I10X", "Z00"))  # Vectorizado

Description

Busca en descripciones CIE-10 usando múltiples estrategias:

1. Expansión de siglas médicas (IAM, TBC, DM, etc.)

2. Búsqueda exacta por subcadena (más rápida)

3. Búsqueda fuzzy con Jaro-Winkler (tolera typos)

Usage

cie_search(
  text,
  threshold = 0.7,
  max_results = 50,
  field = c("descripcion", "inclusion"),
  only_fuzzy = FALSE,
  verbose = TRUE,
  include_uso_cl = FALSE,
  only_uso_cl = FALSE,
  texto = lifecycle::deprecated(),
  campo = lifecycle::deprecated(),
  solo_fuzzy = lifecycle::deprecated()
)

Arguments

Details

La búsqueda es tolerante a tildes: "neumonia" (sin tilde) encuentra "neumonía" (con tilde) en el catálogo. Soporta siglas médicas comunes: "IAM" busca "infarto agudo miocardio".

Value

tibble ordenado por score descendente (1.0 = coincidencia exacta). Si el text corresponde a una sigla médica, se expande automáticamente antes de buscar.

See Also

cie_lookup(), cie_short(), cie10_sql()

Other search: cie_describe(), cie_guia_busqueda(), cie_guide(), cie_lookup()

Examples

# Búsqueda básica
cie_search("diabetes")


cie_search("neumonia")

# Búsqueda por siglas médicas
cie_search("IAM")
cie_search("DM2")

# Tolerante a tildes y typos
cie_search("diabetis")

# Buscar en inclusiones
cie_search("bacteriana", field = "inclusion")
# Filtrar a códigos vigentes Chile (excluye 'legado')
cie_search("diabetes", only_uso_cl = TRUE)
# Mostrar la columna uso_cl en el output
cie_search("diabetes", include_uso_cl = TRUE)

Description

Muestra todas las siglas médicas que pueden usarse en cie_search(). "Sigla" se conserva como término local (concepto médico chileno) en la columna de salida; el nombre de la función usa cie_short por consistencia con el ecosistema R (verbos cortos en inglés).

Usage

cie_short(category = NULL, categoria = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

tibble con columnas: sigla, termino_busqueda, categoria

See Also

cie_search(), cie_lookup()

Other busqueda: cie_siglas()

Examples

# Ver todas las siglas
cie_short()

# Filtrar por categoría
cie_short("cardiovascular")
cie_short("oncologica")

# Buscar una sigla específica
cie_short() |> dplyr::filter(sigla == "iam")

Description

Muestra la jerarquía de un código CIE-10 (categoría + subcategorías) como una tabla gt. Las columnas "Incluye" y "Excluye" pueden aparecer vacías en subcategorías: el catálogo MINSAL/DEIS no puebla esos campos en todos los niveles (suelen estar solo en la categoría de 3 dígitos). Para evitar confusión visual, los NA se reemplazan por un guion largo (em dash).

Usage

cie_table(code, codigo = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

Objeto de clase gt_tbl (tabla HTML interactiva).

See Also

cie_search(), cie_lookup(), cie_guide()

Examples

cie_table("E11")  # Diabetes mellitus tipo 2 completo

Description

Validar vector de códigos CIE-10 formato

Usage

cie_validate_vector(codes, strict = FALSE, codigos = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

Logical vector de la misma longitud que codes. TRUE si el código tiene formato CIE-10 válido (y existe en DB si strict = TRUE).

See Also

cie_norm(), cie_expand()

Other validacion: cie_expand(), cie_norm(), cie_normalizar()

Examples

cie_validate_vector(c("E11.0", "INVALIDO", "Z00"))

Description

Catálogo completo de diagnósticos CIE-10 en versión chilena (MINSAL/DEIS 2018), incluyendo categorías, subcategorías y metadatos jerárquicos. Contiene 39,877 filas que abarcan la totalidad de códigos del sistema de clasificación.

Usage

cie10_cl

Format

Un tibble con 39,877 filas y 11 columnas:

codigo

character. Código CIE-10 alfanumérico (p. ej. "E11.0", "A00", "Z99.9"). Incluye tanto categorías de 3 caracteres como subcategorías con decimal.

descripcion

character. Denominación del diagnóstico en español según terminología oficial MINSAL/DEIS.

categoria

character. Código de categoría de 3 caracteres al que pertenece la fila (p. ej. "E11" para el código "E11.0"). Igual a codigo cuando la propia fila es una categoría.

seccion

character. Rango de categorías que define la sección dentro del capítulo (p. ej. "E10-E14").

capitulo_nombre

character. Nombre descriptivo del capítulo CIE-10 (p. ej. "Enfermedades endocrinas, nutricionales y metabólicas").

inclusion

character. Términos de inclusión asociados al código, tal como figuran en el catálogo oficial. NA cuando no aplica.

exclusion

character. Términos de exclusión (notas "Excl.") asociados al código. NA cuando no aplica.

capitulo

character. Letra o rango que identifica el capítulo CIE-10 (valores "A" a "Z").

es_daga

logical. TRUE si el código es daga (†), es decir, etiología en un par daga/asterisco. FALSE en caso contrario.

es_cruz

logical. TRUE si el código es asterisco (*), es decir, manifestación en un par daga/asterisco. FALSE en caso contrario.

uso_cl

character. Categoría de uso clínico del código según el catálogo MINSAL/DEIS: "principal", "legado", "causa_externa", "etiologico", o la combinación "causa_externa | principal". El valor "legado" identifica códigos sin uso clínico vigente en Chile.

Source

https://deis.minsal.cl/centrofic/

See Also

cie_lookup(), cie_search(), cie10_sql()

Examples

data(cie10_cl)
head(cie10_cl)

# Códigos vigentes de uso clínico en Chile (excluye categoría "legado")
subset(cie10_cl, uso_cl != "legado") |> nrow()

# Capítulos disponibles
unique(cie10_cl$capitulo)

Description

ciecl construye, en el primer uso, un archivo SQLite (cie10.db) a partir del dataset cie10_cl y lo guarda en una carpeta de datos del usuario (ver tools::R_user_dir("ciecl", "data")). Esa "caché" evita reconstruir la base en cada sesión. Esta función la elimina y fuerza que la próxima consulta (cie_search(), cie_lookup(), cie10_sql(), etc.) la reconstruya desde cero.

No es necesario llamarla tras actualizar el paquete: la caché guarda la versión del paquete con que se construyó (tabla cie10_meta) y, si la versión cambió, se reconstruye automáticamente en el primer uso. Los casos en que conviene forzar el rebuild manual son: (1) se sospecha que el archivo .db está corrupto (errores de lectura SQL inesperados), o (2) se quiere liberar el espacio en disco que ocupa la caché.

Usage

cie10_clear_cache()

Value

Sin valor de retorno, se llama por sus efectos secundarios (elimina la caché SQLite).

See Also

cie10_sql(), cie10_disconnect()

Other sql_backend: cie10_disconnect(), cie10_sql()

Examples

# Ver ubicación de la caché
tools::R_user_dir("ciecl", "data")


cie10_clear_cache() # Elimina cie10.db local

Description

ciecl mantiene una única conexión SQLite reutilizable ("pooled") abierta al archivo cie10.db durante la sesión, en lugar de abrir y cerrar una conexión por cada consulta. Mientras esa conexión está abierta, SQLite mantiene un "lock" (bloqueo) sobre el archivo .db: es la forma en que SQLite evita lecturas/escrituras concurrentes inconsistentes sobre el mismo archivo. Esta función cierra esa conexión y libera el lock.

Solo hace falta llamarla manualmente en dos casos: cuando se va a eliminar o reemplazar el archivo cie10.db por fuera del paquete (por ejemplo, con herramientas del sistema operativo), o al finalizar un proceso batch largo para no dejar el archivo bloqueado. Para usar cie10_clear_cache() no es necesario llamarla antes: esa función ya cierra la conexión pooled internamente. Si no se libera el lock, el archivo .db puede seguir abierto hasta que termine la sesión de R; en la práctica esto rara vez es un problema porque cada sesión de R tiene su propia conexión, pero impide que otro proceso externo (no R) edite el archivo mientras la conexión esté abierta.

Usage

cie10_disconnect()

Value

Sin valor de retorno, se llama por sus efectos secundarios (cierra la conexión SQLite pooled).

See Also

cie10_sql(), cie10_clear_cache()

Other sql_backend: cie10_clear_cache(), cie10_sql()

Examples

# No hay un ejemplo no interactivo: el objeto de conexion vive en un
# entorno interno del paquete (.ciecl_env) y no es parte de la API
# publica, por lo que no hay nada que inspeccionar desde afuera.


cie10_disconnect()

Description

Permite ejecutar sentencias SQL de solo lectura sobre la tabla cie10, el mismo dataset que entrega cie10_cl. Útil para consultas que no están cubiertas por cie_search()/cie_lookup() (agregaciones, conteos por capítulo, joins con datos propios cargados en la misma conexión, etc.). Para aprender SQL desde cero puede revisar https://www.w3schools.com/sql/ o la documentación de SQLite (https://www.sqlite.org/lang_select.html).

Usage

cie10_sql(query, close = lifecycle::deprecated())

Arguments

Value

tibble con el resultado de la consulta

See Also

cie10_cl, cie10_clear_cache(), cie10_disconnect(), cie_search(), cie_guide()

Other sql_backend: cie10_clear_cache(), cie10_disconnect()

Examples

# Buscar diabetes
cie10_sql("SELECT codigo, descripcion FROM cie10 WHERE codigo LIKE 'E11%'")


# Contar por capitulo
cie10_sql("SELECT capitulo, COUNT(*) n FROM cie10 GROUP BY capitulo")

Description

Buscar códigos CIE-11 vía API OMS

Usage

cie11_search(
  text,
  api_key = get_icd_api_key(),
  lang = c("es", "en"),
  max_results = 10,
  release = "2024-01",
  texto = lifecycle::deprecated()
)

Arguments

Details

Seguridad de la API key

NUNCA escribas la llave literal en tus scripts (p. ej. api_key = "tu_id:tu_secret"): si compartes el código (repositorios, correos, capturas) expondrías tus credenciales de forma accidental.

La vía recomendada es guardar la llave en la variable de entorno ICD_API_KEY, por ejemplo editando ⁠~/.Renviron⁠ con usethis::edit_r_environ(); get_icd_api_key() la lee automáticamente.

El argumento api_key existe solo para circunstancias excepcionales (p. ej. manejar múltiples llaves, o entornos donde no es posible fijar una variable de entorno).

Value

tibble con códigos CIE-11 + títulos o vacío si error

See Also

cie_search(), cie_lookup(), cie_guide()

Other api_who: get_icd_api_key()

Examples

# Ver parámetros disponibles
args(cie11_search)



# Requiere credenciales OMS gratuitas (https://icd.who.int/icdapi)
cie11_search("depresion mayor")




# Causas frecuentes de egreso en Chile
cie11_search("diabetes mellitus")
cie11_search("hipertension esencial")

Description

Lee la variable de entorno ICD_API_KEY y aborta con un error informativo si no está configurada. Es el valor por defecto del argumento api_key de cie11_search(), siguiendo el patrón recomendado por httr2 para envolver APIs.

Usage

get_icd_api_key()

Details

Configura la variable editando ⁠~/.Renviron⁠ con usethis::edit_r_environ():

ICD_API_KEY=tu_client_id:tu_client_secret

Nunca escribas la llave literal en scripts que vayas a compartir.

Value

String con la API key en formato "client_id:client_secret".

See Also

cie11_search()

Other api_who: cie11_search()

Examples

# Requiere ICD_API_KEY configurada (ver Details)
try(get_icd_api_key())